Genomic surveillance von Antibiotika-Resistenz in den Philippinen gegründet

Genomic surveillance von Antibiotika-Resistenz in den Philippinen gegründet

Antibiotika-Resistenz-surveillance in den Philippinen bewegt hat in der genomischen ära, ermöglicht eine bessere Verfolgung von gefährlichen Bakterien. Forscher am Centre for Genomic Erreger-Surveillance (CGPS befindet sich an der Wellcome Sanger Institute und Der Big-Data-Institut (BDI), University of Oxford), und die Philippine Research Institute for Tropical Medicine (RITM), lokale DNA-Sequenzierung und Analyse von Drogen-resistenten Bakterien in den Philippinen. Diese genomischen Kapazität erweitert hat laufende nationale Infektion Kontrolle, einschließlich tracking der Verbreitung von Resistenzen gegenüber reserveantibiotika und die Identifizierung von Arzneimittel-resistente Infektionen in einem Krankenhaus baby-Einheit, helfen, die Kontrolle des Ausbruchs.

Berichtet in Nature Communications in dieser Woche, diese Studie zeigt die macht der lokalen Sequenzierung innerhalb der nationalen surveillance-Netzwerke im low – und middle-income countries, und könnte erweitert werden auf andere Standorte zur Bewältigung der globalen Herausforderung der antimikrobiellen Resistenz.

Antimikrobielle Resistenz (AMR) ist ein globales Gesundheitsproblem, mit einer Resistenz gegen gemeinsame Antibiotika finden sich in allen Regionen der Welt. Dies bedeutet, es kann äußerst schwierig sein, zur Behandlung von einigen bakteriellen Erkrankungen wie MRSA, Tuberkulose und Gonorrhoe, und erhöht die Risiken jeder Operation.

Überwachung der AMR ist entscheidend zu verstehen, und versuchen, Sie zu stoppen seine Verbreitung, und die DNA-Sequenzierung kann pinpoint-Resistenz-Mechanismen und entdecken übertragung Muster. Jedoch genomische überwachung ist weniger Häufig in niedrig – und Länder mit mittlerem Einkommen (LMICs), die voraussichtlich am stärksten von AMR.

Die Philippinen sind ein sehr gut etabliertes Antimicrobial Resistance Surveillance-Programm innerhalb des Philippinischen Department of Health, die verwendet Labor-basierten Methoden für das überwachen von Antibiotikaresistenzen. Im Jahr 2018 den Forschern geholfen, eine DNA-Sequenzierungs-Anlage innerhalb dieses, um lokale Kapazitäten für die genomische überwachung in den Philippinen. Dazu gehörten der Aufbau von lokalen Kapazitäten in den Bereichen genomics und interpretation der Daten durch die gemeinsame Ausbildung.

Die Proben wurden sequenziert von mehr als 20 Standorte, die über die Philippinen, mit Schwerpunkt auf Bakterien, die resistent gegen die reserveantibiotika, und aufgeführt von der World Health Organisation als oberste Priorität Erreger für die Entwicklung neuer Antibiotika. Die teams gemeinsam analysierten Sie die Daten, erstellen von phylogenetischen Bäumen, die zeigten, wie die Bakterienstämme miteinander verbunden sind, aufgedeckt und mehrere high-risk-Klone.

Die Kombination der genetischen Ergebnisse mit den epidemiologischen Daten können die Forscher pinpoint-Stämme in bestimmten Orten. In einem Krankenhaus, das Sie identifiziert einen cluster mit dem gleichen Stamm von carbapenem-resistenten Klebsiella pneumoniae in einer neonatologischen Intensivstation, und offenbart, dass dies die Verbreitung innerhalb des Krankenhauses. Diese Beweise aktiviert das Krankenhaus zu stärken, Ihre Infektion-control-team, zu kontrollieren, mögliche künftige Ausbrüche.

Dr. Celia Carlos, joint-lead des Projekts aus dem Forschungs-Institut für Tropenmedizin, Philippinen, sagte: „Hier in den Philippinen haben wir mehr als 30 Jahre Erfahrung in der Entwicklung von Labor-Methoden zu verfolgen, AMR, mit unseren Antimicrobial Resistance Surveillance Programm. Nun, die Zusammenarbeit mit unseren Partnern in Großbritannien, die wir geschaffen haben, lokale Kapazitäten und know-how für die gesamte Genom-Sequenzierung in den Philippinen, hinzufügen genomische überwachung, um diese anderen Methoden. Dies wird uns helfen, neu auftretende resistente Stämme sehr viel schneller, so können wir verstehen, was passiert ist, verhindern der übertragung von AMR und Leben zu retten.“

Dr. Silvia Argimón, ersten Autor auf dem Papier von der Mitte für Genomische Erreger-Surveillance, sagte: „Das Programm ist nicht nur geholfen, die genomische Infrastruktur in den Philippinen, aber auch ermöglicht, eine enge Zusammenarbeit der teams in Großbritannien und den Philippinen. Dazu gehörten gegenseitige Besuche zwischen den Forscher-und Weiterbildung zur übertragung des Eigentums an der Sequenzierung, die Analyse und das Verständnis, um das team in den Philippinen, und gewährleistet, dass jeder verstanden, der Einfallsreichtum und die Herausforderungen der sentinel sites.“

Genomische überwachung erlaubt es dem team, zu beschreiben, Arzneimittel-resistente Bakterien in Bezug auf Ihre Stämme, die Gene aktivieren, die die Resistenz, und wie diese Gene zwischen Bakterien übertragen werden. Durch die Genomik-die Philippinen haben jetzt eine größere Linse auf AMR-auf lokaler, nationaler und internationaler Ebene, so dass die Daten-Analyse in einem bisher nur schwer Ebene. Die Daten werden gemeinsam mit Philippinischen öffentlichen Gesundheitsbehörden und der WHO zu informieren, sowohl lokale als auch das Globale Verständnis der Ausbreitung von carbapenam Widerstand.